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Toutes époques et tous niveaux confondus, c'est-à-dire du Moyen Âge à nos jours, des justices seigneuriales au Parlement de Dijon, puis des justices de paix à la cour d'appel de Dijon, la masse des archives d'origine judiciaire stricto sensu conservées aux Archives départementales de la Côte-d'Or est aujourd'hui de l'ordre de 2500 ml de rayonnage, soit 1/10 de la capacité totale du dépôt.
Closes à l'automne 1790, les archives des justices de toutes catégories accumulées depuis le Moyen Âge à travers parlement, présidiaux, bailliages, prévôtés, justices seigneuriales (laïques ou ecclésiastiques), communales, consulaires et autres, durent, en vertu de la loi du 27 mars 1791 être concentrées au greffe des tribunaux des nouveaux districts. Les opérations commencèrent en mai, mais sans urgence ni systématiquement, si bien que, dans les campagnes, beaucoup de fonds demeurèrent sur place. À Dijon en tout cas, la centralisation au greffe du tribunal de district s'acheva en novembre. La deuxième phase de la centralisation, ouverte par la loi du 19 vendémiaire an IV qui prescrivait le rassemblement des archives des greffes des tribunaux de district, supprimés par la constitution de l'an III, au greffe du tribunal civil du département (plus tard cour d'appel), fut difficile à mettre en oeuvre et s'étendit sur les ans IV et V, tandis que l'appropriation, au Palais de justice de Dijon, de locaux suffisants pour adjoindre ces arrivages aux fonds déjà en place, dura jusqu'en l'an VIII.
Ainsi, contrairement à ce qui s'était passé pour les archives administratives et domaniales, la centralisation des archives judiciaires de l'Ancien Régime au niveau départemental n'aboutit pas d'abord aux Archives départementales. Cette étape ultime n'intervint que par étapes et tardivement, entre 1868 et 1886 pour l'essentiel, au terme de difficiles négociations entre l'archiviste départemental, Joseph Garnier, et la Cour. Malheureusement, les multiples transferts antérieurs de toutes ces archives, puis leur accumulation mal contrôlée au Palais les avaient entre temps exposées à de nombreux actes de vandalisme. En 1910 encore, d'importants reliquats venaient compléter rue Jeannin les précédents versements et les prolonger pour les tribunaux de l'époque révolutionnaire. Dans un respect scrupuleux de la loi, les très importantes archives de la justice communale de Dijon, originellement comprises dans les archives même de la ville et dont toute la partie antérieure à 1730 y étaient demeurée en 1791, furent également versées aux Archives départementales de la Côte-d'Or sous J. Garnier, en 1874 : elles y forment l'un des plus anciens fonds judiciaires, remontant au XIVe siècle.
Quant aux versements des archives des institutions judiciaires mises en place depuis l'an VIII, ils ne commencèrent pour ainsi dire pas avant l'Entre-deux-guerres et se poursuivent de nos jours très régulièrement.
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